介護保険用語で『専ら』は8割を指すようです。また、個別機能訓練加算（Ⅰ）の方は『常勤』があえて載っていますから、（Ⅱ）の方は常勤である必要はないと思います。

あとは解釈通知待ちだと思います。

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機能訓練加算Ⅱに関する人員配置についての意見は割れていますね。

まず、機能訓練加算ⅠとⅡの算定要件を確認すると加算Ⅰについては常勤と記されておりますが、加算Ⅱについてはその表現がないので、記載忘れは考えにくいので機能訓練加算Ⅱに関してはロバートさんの意見の通りに「常勤」に限らないと考えます。

また、『 専ら機能訓練指導員の職務に従事する理学療法士等』となっておりますが、「専ら」が専従か否かについてはわかりません。

例えば、「がん診療連携拠点病院の整備に関する指針」（http://www.mhlw.go.jp/topics/2006/02/tp0201-2.html）では、「専任」は、「当該療法の実施を専ら担当していることをいう。この場合において、「専ら担当している」とは、担当者となっていればよいものとし、その他診療を兼任していても差し支えないものとする。ただし、その就業時間の少なくとも5割以上、当該療法に従事している必要があるものとする。」と示されているので「専ら」は「その就業時間の少なくとも5割以上の従事」とも考えられます。

また、ロバートさんの示すとおりに、
一般的に、「専従とは100％の関わり」「専らとは80％の関わり」「専任とは50％の関わる」と解釈される場合もあるようです。

また、アンケート結果にもあるように「専ら」が専従と捉えられている事例もあるようです。

結論は、今後示される解釈次第ですね。。。。

なお、「理学療法士等」がどの職種を示すかも今後の解釈次第です。

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追加です。

改訂後には現行の機能訓練加算Ⅱが機能訓練加算Ⅰにシフトしますが
過去のFAQはこのような解釈です。
ゆえに、改訂案での機能訓練加算Ⅰは専従常勤ということになるので
機能訓練加算Ⅱとなると、「専従」が求められてもおかしくないです。

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21.3.23 51 介護保険最新情報vol.69 平成21年4月改定関係Q &A(vol.1)より

個別機能訓練加算IIの算定においては、常勤の機能訓練指導員がサービス提供 時間帯を通じて専従することが要件であるので、常勤専従の機能訓練指導員である看護 職員が看護職員としての業務を行っても、通所介護事業所の看護職員としての人員基準 の算定に含めない扱いとなっている。しかし、介護予防通所介護の選択的サービスの算定 に必要となる機能訓練指導員を兼務することは、双方のサービス提供に支障のない範囲 で可能である。

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人員要件については最終的には後に示されてくる解釈通知次第と思われますが、第８５回社会保障審議会介護給付費分科会資料（資料３さらに議論が必要な論点について）に、通所介護における機能訓練に関する加算のイメージが示されております。
http://www.mhlw.go.jp/stf/shingi/2r9852000001va0b-att/2r9852000001va30.pdf

新たな個別の対応を重視した機能訓練の加算Ⅱについては以下の記載があります。

・専従の機能訓練指導員を配置
・個別機能訓練計画を作成
・個別の対応を重視した機能訓練の実施

ゆえに上記の資料を参考にすると「専従」の理解が有力かと考えております。

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