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扁平足とは、アーチ効率（舟状骨高÷足長×100）で評価し、端的に言えば内側アーチの頂点である舟状骨が低下した状態であると思いますが、質問者さんの書かれている「足首の付け根」がどこを指すのかでも痛みの原因は違うと思います。
距骨下関節でのインピンジメントによる痛みなのか？距腿関節でのインピンジメントなのか？それぞれ、アプローチが変わってくると思いますし、原因も若干違ってくると認識しています。
私が、治療時に気をつけていることとしては関節適合性の評価を行った後に、牽引をかけた方が動きが良くなるのか？若干の圧迫を加え求心性（関節適合性）を高めた状態で動かした方がスムーズなのか？など疼痛除去テストのような感じで様々な評価をしながら治療しています。
なので、自分の中で根拠となるような評価を細かくした上で治療するといいのかもしれませんね！
機会があれば試してみてください。