十四　訪問リハビリテーション費におけるサービス提供体制強化加算の基準
イ　サービス提供体制強化加算(Ⅰ)　指定訪問リハビリテーションを利用者に直接提供する理学療法士、作業療法士又は言語聴覚士のうち、勤続年数七年以上の者がいること。
ロ　サービス提供体制強化加算(Ⅱ)　指定訪問リハビリテーションを利用者に直接提供する理学療法士、作業療法士又は言語聴覚士のうち、勤続年数三年以上の者がいること。

7年にしろ3年にしろ、直接提供していなければ算定できません。
何も腑に落ちないこと無いとおもいますが。

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…昨年入職したPT（自法人での勤続年数は2年未満）のみが訪問業務を行っております。

ということは、現状では勤続年数10年以上のOTの方は訪問リハ業務を行っていないわけですから、算定要件から外れてしまうのではないでしょうか。
同事業所内において各個人の勤続年数でサービス提供体制強化加算ⅠとⅡが変わるといったことは聞いたことがありません。
指導の詳細がわからないのでこれくらいしか助言が出来ませんが、腑に落ちないようであれば指導の内容をもう一度行政に確認した方が良いと思います。

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質問者様の疑問は、「勤続年数7年以上のOTが直接訪問リハを実施した際のみ、サービス提供体制加算Ⅰを算定できる」「勤続年数3年以上の職員が訪問した場合には、サービス提供体制加算Ⅱを算定してください」という部分でしょうか？この２文だけ読むと、7年以上のOTが実施した場合は加算Ⅰ、3年以上のスタッフが実施した場合は加算Ⅱを、それぞれ加算を分けて算定しなさいとも受け取れてしまうので、それが腑に落ちないということでしょうか。
指摘されているのは、
①勤続年数2年未満のセラピストしか直接サービス提供をしていないため加算ⅠもⅡも算定はできません。
②（現状の人員配置で加算を算定するには）7年以上のOTが直接サービス提供を行えば（全ての利用者に対して）加算Ⅰが算定できます。
③（仮に、）3年以上のセラピスト（だけ）がサービス提供した場合は（全ての利用者に対して）加算Ⅱが算定できます。
という意味だと思います。
１，２の方が仰る通り、算定要件はサービス提供者に経験者が在籍していることで、セラピストごとに別々に算定するものではありません。伝え方の問題かなと思いました。
全くの検討違いでしたら申し訳ございません。
解釈に疑問を感じたことは直接問い合わせると改めて教えてもらえると思うので、「こういう解釈であってますか？」と質問してみると良いと思います。

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